Durante la administración del General Gerardo Barrios (1860-1863) se ideó construir un palacio nacional para albergar las dependencias gubernamentales. El primer palacio se construyó entre 1866 y 1870, pero un incendio en 1899 lo destruyó junto con valiosos archivos y obras de arte. El actual Palacio Nacional, diseñado por el ingeniero José Emilio Alcaine y construido entre 1905 y 1911, presenta una arquitectura neoclásica con volúmenes simétricos y detalles decorativos.
Inaugurado el 1 de marzo de 1911, se llamó "Palacio del Café" debido a un decreto que destinaba fondos de la exportación de café para su construcción, sumando un total de 50.000 colones. El edificio, con un perímetro de 74 metros por lado y un patio central en forma de cruz griega, se organiza como un claustro. Cuenta con cuatro salas principales: Roja, Azul, Rosa y Amarilla, además de sesenta y cuatro salas grandes, cuarenta habitaciones pequeñas, ocho cuartos de servicio y dos sótanos.
La Sala Roja, la más lujosa, destaca por su decoración en rojo, blanco y dorado de estilo renacentista francés. El Salón Azul fue sede de la Asamblea Legislativa hasta 1974, con decoraciones en azul y blanco. La Sala Rosa albergó la Corte Suprema hasta 1974, y la Sala Amarilla, utilizada para reuniones diplomáticas, fue la oficina del Presidente hasta 1930.